خديجه بيست وچهارسال با پيامبر زندگى كرد و سرانجام دربستربيمارى افتاد. پيامبر (ص) كه بربالين او حاضربود، ضمن گفتگوى با وى فرمود: خدا تو را با مريم دخترعمران و آسيه دخترمزاحم برابرى داده است.
وقتى روح خديجه به سوى جهان جاودان پركشيد پيامبرسخت گريست. چون درحجون قبرى برايش كندند، پيامبر خود به راه افتاد؛ همچنان كه اشك ازچشمانش مى باريد داخل قبر شد و خوابيد، افزونتر از قبل گريست و او را دعاكرد. آنگاه برخاست و با دست خويش همسرش را درقبرگذاشت. چون درآن زمان نماز ميت واجب نشده بود، نماز بر وى خوانده نشد. فاطمه، يادگارخديجه گرد پدرمى گشت، خود را به دامان او مى آويخت، بهانه مادر مى گرفت و دل دردمند پدر را آتش مى زد. پيامبرجزسكوت چيزى نداشت؛ جبرييل نازل شد و گفت: اى پيامبر، به فاطمه بگو خدا براى مادرت قصرى از لؤلؤ ساخته كه درونش آشكار است و درآنجا هيچ سختى و تلخى نيست.
به اين ترتيب فرشته الهى پايان رنجها و محنتهاى خديجه را اعلام كرد.
محققان زمان وفاتش را سه سال قبل ازهجرت مى دانند. در سال ۷۲۷ه. ق قبه اى بر قبر وى ساختند كه درسال ۱۳۴۴ه. ق به وسيله وهابيون ويران شد.